一般情況下，懷孕三個多月肚子兩側疼可能是激素水平變化、子宮增大牽拉、膽囊炎等原因導致的。具體分析如下：
1.激素水平變化：懷孕三個多月肚子兩側疼，可能是體內激素水平變化導致的。因為懷孕后體內分泌的雌激素和孕激素的水平會升高，抑制肌肉收縮，影響到胃腸道消化功能，便可能出現脹氣、腸痙攣、小腹輕微疼痛等癥狀，屬于正常的生理表現，建議孕婦平時注意多休息，保持心情平和。
2.子宮增大牽拉：懷孕后盆腔組織充血，隨著胎兒在子宮的逐漸發育，子宮逐漸增大會引起盆腔周圍組織牽拉，進而可能導致懷孕三個多月肚子兩側疼，一般也是屬于正?，F象。建議孕婦懷孕期間要注意多休息，謹遵醫囑定期做好產檢，放松心情，注重飲食多元化，加強營養。
3.膽囊炎：若孕婦因不良的飲食習慣引發膽囊炎，便可能出現右上腹疼痛、惡心、嘔吐等癥狀，因為膽囊炎的疼痛癥狀容易呈放射性，所以懷孕三個多月肚子兩側疼也可能是膽囊炎導致的，孕婦可在醫生指導下使用頭孢克洛緩釋片、頭孢克肟顆粒、阿莫西林膠囊等藥物進行治療。