通常情況下，停經四十天彩超查不出來懷孕可能是因為女性懷孕，但是孕囊太小，也可能表明女性沒有懷孕，主要是內分泌失調、卵巢早衰等原因導致的，建議女性對癥治療。具體情況分析如下：
1.孕囊太小：彩超是利用超聲多普勒技術和超聲回波原理，同時進行采集血流運動、組織運動信息和人體器官組織成像的設備。如果女性停經四十天，可能是已經懷孕，若平時的月經不規律，那么受精卵著床的時間較短，孕囊太小，可能會出現彩超查不出來懷孕的情況，此種情況比較正常，建議女性隔一段時間后再次進行檢查，可以明確是否懷孕。
2.內分泌失調：如果女性沒有懷孕，是內分泌失調導致的停經四十天，那么彩超也查不出來懷孕，建議女性遵醫囑使用藥物來治療，例如當歸調經顆粒、烏雞白鳳丸、婦科調經片等。
3.卵巢早衰：卵巢早衰是指女性在四十歲之前卵巢喪失正常功能，如果女性的卵巢早衰，可能會出現停經四十天彩超查不出來懷孕的情況。女性可以遵醫囑使用藥物來治療，例如尼爾雌醇片、黃體酮膠囊、復方戊酸雌二醇片等。