結腸造影和腸鏡的區別主要有原理不同、觀察情況不同以及感受不同。
1.原理不同：結腸造影受檢者口服造影劑，通過X線檢查對結腸進行造影檢查的影像學檢查方法。而腸鏡主要是通過一支細長可彎曲的醫學儀器，通過肛門進入直腸，直到大腸的檢查病癥的方式。
2.適用范圍：結腸造影對于腸道的整體形態和腸道功能有較好檢查效果，大多確切地判斷病變的浸潤范圍，恰當地判斷病變的治愈和緩解情況，減少漏診率。而腸鏡可讓醫生較為直觀觀察到結腸和大腸的內部情況的檢查。
3.感受不同：由于結腸造影是影像學檢查，對身體大多沒有明顯的影響，通常也不會有較為突出的不適癥狀。而腸鏡由于會進入腸道內，常會造成局部組織不適，可出現疼痛、發脹等現象。