寶寶生理性腹瀉通常不需要采取任何措施進行治療，但需要做好護理工作，也應密切關注寶寶的精神狀態。如果大便次數突然增加，并且糞便比較稀，則需考慮病理性原因，需要進行治療。
生理性腹瀉多發于6個月以下的寶寶，通常是由于寶寶吃的食物中所含的營養成分超過了寶寶的需求，從而導致多余的部分隨著糞便排出體外。常見的癥狀是每天大便次數多，含有少量水分，通常沒有特殊的腥臭味道。除了大便次數增多之外，寶寶的身體并沒有其他異常，食欲和精神狀態較好，并且生長發育速度在正常的范圍內，通常不需要采取措施處理。
但如果寶寶大便次數突然增加，且寶寶出現了體重增長速度緩慢的情況，需要考慮存在消化不良的原因。可以在醫生的指導下使用微生態制劑或腸黏膜保護劑進行治療，常用的藥物是復方胃蛋白酶顆粒、蒙脫石散等，能夠吸附腸道當中的毒素，也有利于調節腸道菌群平衡。