三個月寶寶晚上一個小時醒一次可能是生理性因素的原因，也可能是病理性因素導致，比如缺鈣、消化不良等，需要及時在醫生的指導下通過物理療法以及服用藥物治療。
1、生理性因素：三個月寶寶晚上一個小時醒一次可能是因為室內的溫度比較高，導致寶寶在睡覺時感覺不舒服，出現了容易醒的情況，如果寶寶在睡覺時感覺到了饑餓，也會出現晚上一個小時醒一次的情況，需要及時給寶寶喂奶，還要保持室內的溫度適宜，能夠幫助入睡。
2、病理性因素：
缺鈣：寶寶晚上一個小時醒一次也可能是因為攝入的鈣含量不足，寶寶的生長速度比較快，出現了缺鈣的情況，寶寶還可能會出現入睡困難、夜間盜汗、哭鬧不止等癥狀，需要遵醫囑服用葡萄糖酸鈣口服溶液、碳酸鈣D3顆粒等補鈣藥物治療。
消化不良：消化不良也會導致寶寶睡覺時不舒服，出現一個小時醒一次的癥狀，寶寶還會伴有腹脹、惡心、腹痛等，可以適當的對腹部按摩，能夠促進腸胃的蠕動，如果癥狀比較嚴重也可以服用枯草桿菌二聯活菌顆粒治療，可以幫助食物消化。
平時要注意寶寶的護理，如果是母乳喂養，媽媽要注意不可以吃辛辣和寒涼的食物，比如辣椒、冰糕等。