孕婦服用羥氯喹一般是用于治療自身免疫性疾病，安全性較高，服用到孕幾周停并沒有明確限制，由于存在較大的個體差異，建議在醫生的指導下停藥。需注意的是羥氯喹并非保胎藥物，孕婦不可自行服用該藥物進行保胎，擅自服用可能對胎兒造成不良影響。如若孕婦需要進行保胎治療，應前往醫院，在醫生的指導下應用保胎藥，具體停藥時間也應根據自身情況聽從醫生安排。
羥氯喹為一種生物類抗瘧藥，主要用于治療類風濕關節炎、青少年慢性關節炎，以及由陽光引發或加劇的皮膚病變，還可用于預防和治療瘧疾。本身患有自身免疫性疾病的孕婦，如系統性紅斑性狼瘡、抗磷脂綜合征等，更易發生流產，可在醫生指導下應用羥氯喹進行預防和治療免疫疾病，減少流產的幾率。
孕婦使用羥氯喹的臨床治療周期差異較大，通常治療療程較長。治療周期會受各種因素影響，如病情輕重、藥物劑量、開始用藥的時間等，因此需由醫生綜合判斷停藥時間。應注意的是，長期應用治療劑量的羥氯喹，可能引起中樞神經系統損害，包括耳毒性、視網膜出血和視網膜色素沉著等，用藥過程中需定期復查。所以，只有經醫生判斷，孕婦使用羥氯喹的受益大于危害時，方可使用。