一般情況下，巧克力囊腫是會影響骨密度的。具體分析如下：
巧克力囊腫又稱卵巢子宮內膜異位囊腫。一般表現為痛經、不孕癥、月經失調等，而此類癥狀的患者常伴隨食欲不振、精神焦慮等情況。當患者出現食欲不振，精神焦慮時，人體所能攝取的營養就會受到影響。骨密度即骨骼密度，是骨骼強度的一個重要指標。一般是受人體所攝取的營養影響的，當所攝取的營養偏低時，骨密度自然同樣就降低。因此，巧克力囊腫一般會影響骨密度。
患者可以前往醫院明確巧克力囊腫的具體病因后對癥治療。同時為避免骨密度降低，患者應當攝取足夠的營養來維持骨密度保持在正常水平。