清熱化毒丸最多用幾天，需要根據患者具體情況而定，一般情況下最多用2-5天。若遵醫囑使用清熱化毒丸5天還不見癥狀改善，建議停藥，并及時到醫院就診。
不同的癥狀用藥的時間不同，比如腸燥熱導致的便秘，可能服用1-2天，會有較大改善，這種情況下可能最多用2天。如果為外感風熱導致的咽喉紅腫、疼痛癥狀，風熱之邪在用藥3天左右即可清除，癥狀明顯減輕，所以最多用3天。肺胃積熱、蘊阻肌膚所導致的瘡癤，癥狀緩解大概3天，所以也是最多用3天。但如果是熱毒內滲導致的口瘡，用藥3-5天才能夠緩解癥狀，一般最多用5天。
遵醫囑使用清熱化毒丸，癥狀緩解后應及時停止用藥，以免由于藥性過于寒涼傷及脾胃。清熱化毒丸本身含有朱砂，朱砂中含有汞，為了避免汞中毒，也不能夠過量久服。另外，肝腎功能不全的人不建議服用。