飛秒激光手術的原理就是利用飛秒激光祛除一部分的角膜組織，改變角膜前表面的形態，也就是角膜的屈光力，從而調整眼睛的焦點，讓近視人群重新清晰地看到遠處的物體。簡單來說，飛秒激光手術就是在眼內雕刻一副隱形眼鏡，所以就能夠看清楚遠處的東西。
目前飛秒激光手術包括半飛秒激光手術和全飛秒激光手術。半飛秒激光手術是利用飛秒激光制作掀開式角膜瓣，再用準分子激光進行角膜切削消融，改變角膜曲率，達到矯治近視的目的。全飛秒激光手術是獨特的角膜基質透鏡取出術。用飛秒激光在角膜基質層制作一個透鏡，再用飛秒激光在角膜邊緣制作一個小切口，通過該切口取出透鏡，手術過程一步到位，不再需要準分子激光的參與。
一般全飛秒相對于半飛秒更安全、手后恢復相對更快。但是在臨床上，部分人群可能會因為角膜條件不允許進行全飛秒手術，而選擇半飛秒手術等。