正常菌群有助于保持機體正常生理狀態，維持腸道平衡，正常菌群主要作用包括拮抗、營養以及免疫、合成有益物質等，但并沒有明確的五大作用。
1、拮抗作用：正常菌群中微生物可通過拮抗作用對致病菌起到防御作用，防止機體受到侵害，參與機體非特異性免疫功能。受到代謝產物影響，可產生溶菌酶或細菌素抑制外來細菌生長；
2、營養作用：正常菌群參與人體物質代謝以及營養轉化過程，還參與人體對蛋白質、碳水化合物、脂肪的代謝，同時對膽固醇代謝、激素轉化等也發揮一定作用；
3、免疫作用：正常菌群具有免疫原性，刺激宿主免疫系統，有促進免疫器官正常發育的作用，可限制正常菌群對宿主的危害，對其他正常菌群發生反應的致病菌具有一定抑制或殺滅作用；
4、合成有益物質：正常菌群可以相互配合，合成有益物質幫助人體降解未被消化的食物殘渣，促進消化和吸收。