扁平疣和毛囊炎的病因不同、癥狀不同，治療方法也是不同的。具體分析如下：
1.病因不同：扁平疣是由人乳頭病毒感染導致的，在人體免疫力低時，由于受到病毒感染，引發該疾病。毛囊炎是受到金黃色葡萄球菌感染，不注意個人衛生等原因引起的。
2.癥狀不同：扁平疣通常會出現面部、手部等多部位出現扁平丘疹、皮膚顏色呈粉紅色、淺褐色、會有輕微瘙癢的現象。毛囊炎會出現皮膚起紅色丘疹，并且伴隨疼痛、瘙癢、皮膚有斑痕等現象。
3.治療方法不同：扁平疣可以在醫生的指導下，使用維A酸乳膏，阿達帕林凝膠等藥物，抑制皮脂腺分泌，緩解癥狀。毛囊炎可以在醫生的指導下，使用莫匹羅星軟膏、夫西地酸乳膏等藥物，殺滅細菌，加快癥狀的愈合。