膝關節腘窩囊腫患者遵醫囑吃非甾體類抗炎藥、活血止痛藥等較好，但僅能緩解機體不適癥狀，若要治療疾病還需采取穿刺抽吸術、手術切除等措施，盡可能避免復發。
1、非甾體類抗炎藥：膝關節腘窩囊腫可導致局部疼痛，多數為間斷性鈍痛，少數為銳痛、腫脹，并伴有局部按壓痛，可能是囊腫壓迫、非細菌感染性炎癥刺激所致。需在醫生指導下使用塞來昔布膠囊、雙氯芬酸鈉緩釋片等藥物，可消除炎癥、緩解疼痛；
2、活血止痛藥：膝關節腘窩囊腫從中醫角度來講，可能是氣血瘀滯、寒氣凝滯等因素所致。可在醫生指導下使用丹參片、三七片等藥物，以疏通經脈、通暢血液、驅散瘀滯的氣機等，可起到一定止痛作用。
膝關節腘窩囊腫患者若病變體積較大且出現明顯不適癥狀，可通過穿刺抽吸術治療，術后需及時加壓包扎。若反復發作，膝關節活動受影響，可通過手術切除囊腫。