自行灌腸的危害有肛周皮膚粘膜水腫及出血、成腸道黏膜損傷、腹痛及腸道出血等，不可自行灌腸，建議需灌腸治療的患者到醫院就診，具體如下：
1、肛周皮膚粘膜水腫及出血：自行操作時可能沒有用液體石蠟棉球充分潤滑肛管及肛周皮膚，肛管可能對皮膚摩擦，并且動作粗暴，強行插入，均可造成皮膚粘膜水腫及出血。并且肛管粗硬以及材質也可能造成插管時肛門皮膚粘膜損傷。
2、腸道黏膜損傷：如果自行灌腸時管內氣體太多、太用力可能造成腸粘膜的損傷。
3、腹痛及腸道出血：如果灌腸液溫度過低，引起腸道痙攣，腹壓增加，影響灌入液體的量，嚴重者可出現腹痛及腸道出血。在自行灌腸操作中，一般自行操作無法掌握灌腸液的溫度，因此不建議自行灌腸。