胃蛋白酶原是消化內科常用的檢查指標之一，胃蛋白酶原三項指標這個說法是不準確的，胃蛋白酶原一般只有兩個指標，即胃蛋白酶原I、胃蛋白酶原II，具體分析如下：
1.胃蛋白酶原I：胃蛋白酶原中第1—5組分主要由胃底腺的主細胞、黏液頸細胞分泌，擁有相同的免疫原性，稱為胃蛋白酶原I。臨床上，常用胃蛋白酶原I來檢測胃泌酸腺細胞功能是否正常，如果胃酸分泌增多，則胃蛋白酶原I升高，胃酸分泌減少則胃蛋白酶原I降低。
2.胃蛋白酶原II：胃蛋白酶原中第6—7組分的生化性質相同，稱為胃蛋白酶原II。胃蛋白酶原II主要由胃底腺主細胞、黏液頸細胞、賁門腺和幽門腺產生。如果胃蛋白酶原II升高則代表患者可能出現胃底腺管萎縮、胃黏膜腸上皮化生等病癥。