通常情況下，阿卡波糖和二甲雙胍相比，一般阿卡波糖的副作用大。具體分析如下：
阿卡波糖可以使得腸道葡萄糖的吸收減緩，從而緩解餐后高血糖，達到降低血糖的作用。長期服用，可降低空腹血糖和糖化血紅蛋白的濃度。但是如果使用不當，可能會導致腹脹、腹瀉和腹痛等消化道癥狀，還可能會引起肝細胞性肝損傷。二甲雙胍為降血糖藥，可降低2型糖尿病患者空腹及餐后高血糖，可使HbAlc下降1%～2%。一般副作用是胃腸道不適，如惡心、嘔吐、腹痛。所以通常來說，阿卡波糖和二甲雙胍相比，一般阿卡波糖的副作用大。
建議患者在醫生的指導下使用藥物，以免藥物使用不當影響身體健康和病情恢復。