做海扶刀手術可能會有疼痛的感覺，但大多數患者可以耐受。另外，進行海扶刀手術時，醫生可能會給予相應鎮靜藥物，減少患者疼痛或不適的癥狀，所以不用過于緊張。
海扶刀手術為高強度的聚焦超聲，主要是將高強度的超聲聚焦到需要處理的部位，如子宮肌瘤、腺肌瘤，病灶局部產生瞬間高溫，使病變組織發生凝固性壞死，從而達到殺滅病灶的目的。做海扶刀手術過程中患者可能會出現局部脹痛、針刺樣疼痛感，但疼痛多數在可忍受范圍之內，同時手術麻醉師或醫生可能會給予鎮痛、鎮靜藥物，患者可能在不知不覺睡一覺的過程中完成手術，所以不必過于擔心。
此外，在海扶刀手術后，由于局部的組織發生壞死，可能存在炎癥反應，產生脹痛的感覺，但是相比起手術，痛苦較小。需進行海扶刀手術的患者，建議在月經結束后數天，前往較正規的醫院，由手術經驗較多的醫生進行治療，盡量減輕疼痛，降低手術風險。