同房后小肚子隱隱作痛主要可分為5種原因，具體分析如下：
1.男方用力過猛或姿勢不當。男方在房事時過分粗暴，會使女方的腹腔壓力驟然升高，子宮、直腸、膀胱受重力擠壓，腸管發生逆蠕動而引起腹痛。如果采用女上位，子宮、附件等器官易發生位置變動，并對周圍組織產生牽拉作用，造成小肚子疼痛，一般會隨房事結束而自行緩解。
2.女方自身的生理結構所引起。女性尿道和膀胱底部靠近陰道，子宮及附件和陰道的關系密切，易受外來壓力及生物因素刺激，當性器官充血時，盆腔組織會發生不同程度的應激反應，出現收縮或痙攣，引起腹痛。這種情況多發生于初次性交的人，以后可逐漸減輕。
3.房事持續時間過長。持久的性沖動會導致盆腔長時間充血，也可能引起女性盆腔淤血綜合征，出現腹痛，建議在房事時適當變換姿勢。
4.婦科炎癥。盆腔炎癥(如陰道炎、宮頸炎、盆腔炎等)會導致女性下腹部持續疼痛,并因房事使局部刺激充血而加劇癥狀，會長時間持續疼痛，不會隨房事結束而緩解，這種情況建議女性去醫院做婦科檢查明確病因。
5.妊娠期女性。由于精液中的前列腺素會使懷孕后的婦女發生子宮收縮，這不僅會引起腹痛，甚至可能造成早產、流產，故懷孕期間要節制房事。