糞菌移植主要是用于治療腸道菌群失調引發的胃腸道疾病，是否能用于治療自閉癥尚無定論。如確診自閉癥，還是需要按照常規的治療方式進行治療，更有利于自閉癥患者的恢復。
糞菌移植是通過多種途徑將糞菌液中健康狀態的腸道菌群轉移到患者腸道內，調節腸道菌群失調狀態。而自閉癥的發病機制和腸道菌群失調關系仍需進一步研究，自閉癥患者可能存在飲食不均衡、食欲不振、進食量少等情況，容易出現腸道菌群失調。但即便如此也不可擅自通過糞菌移植的方式治療，還是需要到醫院就診，醫生根據個人體質、病情等決定調節腸道菌群的方式，可先遵醫囑服用雙歧桿菌三聯活菌散等藥物，多數可以達到較好的效果。
如懷疑為自閉癥時，應盡快到醫院就診，以早發現、早診斷、早治療?？稍趯I醫院進行言語、行為等方面訓練，平時多給予患者積極的暗示，循序漸進引導和鼓勵患者多接觸世界。