治療幽門螺桿菌較常用的是四聯療法，主要包括四種藥物，即質子泵抑制劑+鉍劑+兩種抗生素。有些患者在服用根除幽門螺桿菌的藥物后，出現拉肚子的癥狀，較常見的原因是抗生素引起的腸道內菌群失調，除此之外，還可能是由于質子泵抑制劑、鉍劑等導致。
1、抗生素：常用的抗生素有阿莫西林膠囊、克拉霉素片、鹽酸左氧氟沙星片、呋喃唑酮片等。根除幽門螺桿菌的抗生素標準用量較大，部分病人在應用抗生素后會出現拉肚子，通常是由于腸道菌群失調導致，小部分患者會出現便秘。如果患者的腹瀉不是很嚴重，只是大便不成形，則可以繼續應用藥物；如果腹瀉較嚴重，呈蛋花湯樣，或者是有偽膜性改變，要考慮是否引起了偽膜性腸炎，需要立即停止用藥，并及時就醫，同時建議應用大量益生菌，來協助進行治療；
2、質子泵抑制劑：常用的藥物有雷貝拉唑鈉腸溶膠囊、奧美拉唑腸溶膠囊、泮托拉唑鈉腸溶片等，此類藥物可以通過中和胃酸，降低胃酸濃度，從而預防應激性上消化道出血、反流性食管炎等疾病，但也因此會導致胃內pH值增高，改變了胃腸道的消化環境，可能會使腸道內的細菌，如難辨梭菌等，大量增殖，造成腸源性感染，而發生腹瀉。這類藥物引起腹瀉的情況并不多見，但是有少數病人會出現腹瀉，如果出現較嚴重的腹瀉，則建議遵醫囑停藥；
3、鉍劑：常用的為膠體果膠鉍膠囊、枸櫞酸鉍鉀顆粒等。部分病人應用完鉍劑后，可能會出現大便較稀、大便發黑的情況，則說明患者出現了藥物不良反應。如果患者出現嚴重的腹瀉，則建議暫時停藥，在停藥后，癥狀會逐漸緩解、消失。