膠囊胃鏡通常會與大便混在一起排出體外，無需手術取出。因為在膠囊胃鏡檢查結束后，一般需要3天左右才可排出，在此期間可以適量食用易于消化的食物，而膠囊胃鏡可依靠胃腸蠕動作用同大便混在一起被排出體外。受檢者需要注意觀察排便后，膠囊胃鏡是否被排出體外。若持續停留于胃腸道2周以上，即出現膠囊胃鏡滯留，需要及時告知醫生，再進行相應的處理。
膠囊胃鏡是類似于制成膠囊大小的攝像機，當受檢者進行胃腸道準備后，將膠囊胃鏡用溫水送入胃部，即可開始進行檢查。此時膠囊胃鏡會將胃部的狀況進行拍攝后，傳輸給相連的設備，醫生根據相關的圖片可觀察胃內的具體狀況，從而幫助確診疾病。
另外，膠囊胃鏡檢查相對于傳統的電子胃鏡而言，受檢者的不良反應較小，也不易出現惡心、嘔吐、腹瀉等不適癥狀。