靶器官是特殊的疾病或藥物能夠影響到的器官，包含兩方面的定義，即疾病損害的主要器官或者是藥物作用的主要器官。具體分析如下：
1.病變器官：靶器官是指某一疾病主要損害的器官，也就是病變器官，可在該器官出現明顯的癥狀和體征。比如患者有高血壓時，容易發生動脈粥樣硬化，影響心臟、腎臟、腦組織的血液供應，心臟、腎臟、腦組織可能會產生相應的病變，因此心臟、腎臟、腦組織是高血壓疾病的靶器官。
2.作用器官：靶器官也是某種藥物主要作用的器官，在該器官藥物聚集濃度較高，可以發揮較好的藥效。比如患者在進行放射性碘-131治療時，主要針對甲狀腺進行治療，作用器官是甲狀腺，因此甲狀腺是治療的靶器官。
確定靶器官可以有效治療患者的疾病，目前醫學上的靶向治療技術也會越來越成熟，針對癌癥病變，比化療更具有優勢。