一般情況下，不能準確地說子宮肌瘤和巧克力囊腫哪個更嚴重，患者應在醫生的指導下進行治療。具體分析如下：
子宮肌瘤是指子宮內的平滑肌細胞異常增生而形成的一種良性腫瘤，如果患者宮腔內子宮肌瘤的數量較少，且未出現明顯的癥狀，如月經量增多、陰道異常流血等，通常說明病情比較輕，通?？梢圆挥眠M行特殊治療，但平時要注意休息，避免有不潔的性生活，并定期去醫院復查；如果患者宮腔內子宮肌瘤的數量較多，且出現了相關癥狀，通常說明病情比較嚴重，需要及時通過手術進行治療。
巧克力囊腫是異位的子宮內膜在卵巢內生長，隨著月經周期而出血，存在陳舊性積血的囊腫，如果巧克力囊腫患者的囊腫比較小，未出現痛經、月經異常等癥狀，通常說明病情較輕，可以在醫生的指導下使用散結鎮痛膠囊、布洛芬緩釋膠囊、吲哚美辛腸溶片等藥物進行治療；如果巧克力囊腫患者的囊腫比較大，且出現相關癥狀，通常說明病情比較嚴重，需要在醫生的指導下通過手術摘除囊腫。