試管嬰兒第一代和第二代主要在適應證、手術操作等方面上，有一定區別。如果要進行試管嬰兒，建議前往正規的機構進行相關檢查，并在專業醫生的指導下選擇進行第一代或者第二代試管嬰兒，且由正規機構的醫生進行操作。
1、適應證：試管嬰兒第一代主要針對女性不孕的情況，如子宮內膜異位癥、輸卵管梗阻、嚴重排卵障礙、免疫性疾病等；而試管嬰兒第二代主要是解決男方不育的情況，比如重度的少、弱、畸形精子癥，不可逆的梗阻性無精子癥，先天性無輸精管，免疫性不育，體外受精失敗等情況的患者，可選擇第二代試管嬰兒；
2、手術操作：試管嬰兒第一代主要是使用藥物誘導多卵泡發育成熟后，在陰道超聲的指導下進行取卵，取卵并處理后，將丈夫的精子和卵子一起培養形成胚胎，再將胚胎裝入到細管送入宮腔中進行妊娠；而試管嬰兒第二代是先對精液中的精子進行篩查，然后選取質量較好的精子注射到成熟的卵母細胞內，完成體外授精的過程，并送入宮腔進行妊娠。
除此之外，第二代試管嬰兒的費用一般也高于第一代試管嬰兒的費用，但兩者在胚胎分裂過程、妊娠率、優質胚胎的比例，以及安全性等方面沒有明顯的區別。