膿腫分枝桿菌可以通過體溫、X線片、痰培養，以及炎癥指標化驗等判斷，是否是完全治好了。膿腫分枝桿菌是非結核分枝桿菌的一種，是一種專性需氧菌，機體免疫低下時比較容易發生感染，且難以治愈。
若膿腫分枝桿菌感染患者的體溫已經降至正常，發病的病灶恢復，如肺部感染時，可檢查肺部X線片等，觀察肺部感染灶有明顯的吸收，甚至完全吸收，痰培養未見膿腫分枝桿菌，另外，還可以抽血化驗炎性指標，如白細胞、中性粒細胞、C反應蛋白、白介素-6、PCT等是否恢復到正常范圍以內，來判斷此患者的炎癥是否完全好了，即評估膿腫分枝桿菌是否完全治好了。
膿腫分枝桿菌對現有的大多數抗生素，及經典的抗結核藥品具有天然耐藥性，這種病原體引起的感染較難治療。因此普通的抗生素的治療效果欠佳，可以進行菌株培養和藥敏試驗，進行有針對性的抗生素治療，并且最好是進行聯合治療。