山慈菇是一種中藥材，一般正常遵醫囑服用不會出現副作用，而且還可以用于輔助治療疾病。但如果服用不當，可能會出現胃腸道不良反應、藥物中毒反應、身體過敏反應、肝腎功能受損等副作用。
1、胃腸道不良反應：山慈菇性涼，如果大量服用容易發生胃腸道不良反應，引起食欲下降、腹痛、腹脹等癥狀，尤其是胃寒的患者，過多地服用山慈菇還容易導致胃寒加重；
2、藥物中毒反應：山慈菇是一種中藥材，具有一定的毒性，長期大量服用容易引起藥物中毒反應，出現惡心、嘔吐、心慌等癥狀，出現藥物中毒反應之后，如果不及時治療還容易出現頭暈、關節疼痛等癥狀，甚至會出現呼吸衰竭的情況；
3、身體過敏反應：如果本身屬于過敏體質，大量地吃山慈菇還容易使身體發生過敏反應，出現皮疹、皮膚紅腫、瘙癢等癥狀，嚴重時還容易引起過敏性休克；
4、肝腎功能受損：因為山慈菇具有一定的毒性，而肝腎是身體的代謝器官，如果服用過多的山慈菇容易導致毒素在體內堆積，使肝腎來不及代謝吸收，時間一長就容易導致肝腎功能受損。