一般情況下，由于個體差異，臨床上沒有沙眼衣原體陽性患者吃什么藥效果最好的說法，沙眼衣原體陽性通常表示沙眼衣原體感染，患者可以遵醫囑吃抗生素類藥、清熱解毒的中成藥等。具體內容如下：
1.抗生素類藥：沙眼衣原體感染，患者可以在醫生的指導下吃左氧氟沙星片、硫酸慶大霉素片、頭孢克肟膠囊等抗生素類藥進行治療，此類藥物可以抗感染，起到抑制沙眼衣原體生長的作用，從而達到治療的目的。
2.清熱解毒的中成藥：沙眼衣原體感染，患者可以在醫生的指導下吃牛黃解毒片、清熱解毒顆粒、清開靈顆粒等清熱解毒的中成藥進行治療，此類藥物可以促進身體清熱、解毒，在一定程度上，能夠緩解眼癢、干燥等癥狀。