新生兒沒有肛門在醫學上通常指肛門閉鎖，如不及時手術治療則無法存活，即生存率為0，但如果積極治療干預，多數預后較好，可長期生存。部分新生兒肛門閉鎖合并會陰瘺，新生兒大便可排出，能夠存活，但容易引起泌尿系感染和外陰部的感染，成活率尚不確定。
1、肛門閉鎖：治療方法根據類型及末端高度不同而有所差異，預后取決于畸形類型及有無其他合并畸形。低位肛門閉鎖及瘺，一般術后排便控制功能較好，高位畸形效果仍不理想。如患兒術后每天排便1-3次，無污糞為效果良好，排便控制能力隨年齡增長及規律的排便訓練會得到改善，但某些生殖泌尿系的后遺問題，仍需較長期的復查觀察；
2、肛門閉鎖合并會陰瘺：患兒的大便會通過會陰瘺的竇道排出體外，如果患兒排便通暢，吃奶好，且沒有腹脹的情況，可以不急于行手術治療，因為隨患兒年齡、體重增長，手術風險比新生兒期間低。但是家長要注意會陰部的護理，患兒排便后需及時給予清理，用清水洗凈，防止出現感染的情況，待新生兒成長、解剖結構有所發育后再行手術。