如果痔瘡栓整晚未融化，可能是操作不當引起，正確操作時痔瘡栓通常會在半小時左右融化。如果塞入肛門的位置過淺或包裝外殼未去除，體溫可能無法溶解痔瘡栓并釋放出有效成分，從而影響治療效果。
通過直腸給藥，痔瘡栓在體溫作用下融化，釋放的有效藥物成分可迅速到達痔瘡部位并發揮作用，該劑型不需要經過胃腸道，所以藥物有效利用率較高。正確使用痔瘡栓，去除外包裝后，塞至直腸壺腹部位，距離肛門大概4cm。如果栓劑塞入過淺，會造成溫度不足而無法融化的情況。如果未將包裝外殼去除，栓劑也無法溶解后滲出。
臨床建議睡前或排便后使用痔瘡栓，以免直立活動時導致藥物流失。如果因直腸黏膜干澀導致塞入困難，可適當涂抹痔瘡膏潤滑，便于痔瘡栓完整塞入。此外，也應注意不要塞入過深，否則可能損傷黏膜，或刺激直腸產生便意，導致藥物排出。