腳趾頭長肉刺可能的原因有倒槍刺、灰指甲、跖疣等。倒槍刺可到醫院進行剪除，灰指甲需祛除病甲加用藥物治療，跖疣可以采用藥物治療、物理治療等方式去除。
1.倒槍刺：腳趾的趾甲出現向內側生長，就會刺激甲床周邊的肌肉逆行生長，而形成倒槍刺的現象。一般醫生會給予局部消毒，然后進行剪除倒槍刺，如果出現局部感染，也即出現甲溝炎，還要進行對癥治療，可以采取拔甲然后給予創面抗炎以及應用抗生素等治療。
2.灰指甲：祛除病甲，清除后用涂10%碘酒或30%冰醋酸溶液，或服用伊曲康唑口服液、特比奈芬、伊曲康唑膠囊治療，遵醫囑規范治療。
3.跖疣：
（1）藥物治療：
①全身治療：干擾素治療、免疫調節治療，如西咪替丁等。
②局部藥物治療：局部涂抹或貼敷具有剝脫腐蝕作用的溶液或軟膏，如維A酸軟膏，水楊酸、斑蝥素具體用藥應咨詢醫生。
（2）物理治療：冷凍或激光治療，可去除疣體，治療時及治療后會有明顯疼痛。
腳趾頭長肉刺需盡早到醫院進行就診，根據情況不同治療方法也不同。