甲硝唑替硝唑奧硝唑三者的區別主要為結構不同、治療方面不同、副作用不同等。
1.結構不同：甲硝唑、替硝唑以及奧硝唑都屬于硝基咪唑類抗生素藥物。但甲硝唑為一代藥物，而替硝唑為二代藥物，奧硝唑則是三代藥物，其分子結構會有一定的差異。
2.治療方面不同：三種藥物同屬于一類抗生素，都對厭氧致病菌有著較好的治療效果。但需注意的是甲硝唑還可用于治療梭狀芽孢桿菌引起的炎癥反應，而替硝唑對于厭氧致病菌治療效果更強，奧硝唑則可以治療多形擬桿菌。
3.副作用不同：甲硝唑通常會引起消化道以及神經損傷反應，而替硝唑多以輕微的消化道反應為主，奧硝唑則可能會出現較為明顯的消化道反應。
除此之外，三種藥物的持續時間也有不同。