一般來說，女生睡了一覺起來小腹疼可能是腹部著涼、消化不良、痛經等因素引起的，需要根據實際情況進行處理。具體分析如下：
1.腹部著涼：如果女生睡覺時不注意保暖，可能會導致腹部著涼，誘發子宮收縮，進而可能會出現睡了一覺起來小腹疼的情況。女生應該做好保暖工作，避免腹部著涼，可以通過熱敷、按摩等方式緩解癥狀。
2.消化不良：女生睡了一覺起來小腹疼可能是消化不良引起的，通常與飲食不當、胃腸動力障礙等因素有關，可能還伴有早飽感、中上腹灼燒感等癥狀。女生睡前應該避免進食過多，避免暴飲暴食，可以在醫生指導下使用健胃消食片、乳酶生片等藥物進行治療。
3.痛經：女生睡了一覺起來小腹疼可能是痛經引起的，可能還伴有墜脹、腰酸等癥狀。女生應該注意休息，避免劇烈運動，可以在醫生指導下使用元胡止痛片、布洛芬緩釋膠囊等藥物進行治療。