染色體變異通常不屬于基因突變，染色體變異和基因突變是兩個(gè)不同的概念。基因突變通常只是指?jìng)€(gè)別核苷酸的位點(diǎn)發(fā)生了突變、位移、缺失等，導(dǎo)致的遺傳信息的改變，可能會(huì)引起一些基因疾病或者遺傳學(xué)性狀的改變，例如苯丙酮尿癥、白化病、亨廷頓病等。但還有一些基因突變沒(méi)有意義，不會(huì)導(dǎo)致遺傳信息的改變。
染色體變異通常是出現(xiàn)在胎兒時(shí)期，在受精卵有絲分裂過(guò)程中發(fā)生，一般不會(huì)在后天環(huán)境中出現(xiàn)。通常包括染色體形態(tài)和數(shù)量的變異，包括染色體的長(zhǎng)、短臂缺失或者位置的顛倒，或者染色體數(shù)量增多、減少。染色體變異通常涉及的遺傳信息較多，可能會(huì)導(dǎo)致嚴(yán)重的先天性疾病，影響胎兒的存活和患者的預(yù)期壽命，例如克氏綜合征、唐氏綜合征等。因此染色體變異通常不屬于基因突變，二者有所區(qū)別。