平滑肌瘤和間質瘤的區別主要在于來源、癥狀、治療，具體如下：
1、來源：平滑肌瘤是發生于平滑肌組織的腫瘤，瘤組織由梭形平滑肌細胞構成，細胞排列成束狀，互相編織，形態比較一致，核呈長桿狀，兩端鈍圓，同一束內的細胞核有時排列成柵欄狀，核分裂象少見。間質瘤是起源于間葉組織的一類腫瘤，多見于胃腸道及卵巢，在生物學上可以從良性到惡性，其中胃間質瘤免疫組織化學CD117和CD34常呈陽性，食管、十二指腸、小腸間質瘤的免疫組織化學CD117常呈陽性。
2、癥狀：平滑肌瘤癥狀與部位、大小等都有關系，各不相同，如皮膚平滑肌瘤，可呈紅棕色小丘疹樣，常伴有疼痛感。深部組織平滑肌瘤多位于肢體，尤其是大腿及臀部，位于深部皮下或骨骼肌，腫瘤常伴有鈣化。間質瘤患者早期一般無明顯癥狀，中晚期根據腫瘤侵犯的部位以及對消化系統的影響，可出現早飽或食欲不佳、吞咽困難或疼痛、嘔血或黑便等癥狀。
3、治療：平滑肌瘤一般采用手術治療，單個腫瘤適合完整切除，多發腫瘤盡量完整切除，必要時手術切除后植皮。而間質瘤是采用開放手術、腹腔鏡手術治療、胃腸內鏡下切除術等手術方式。
如果患者出現平滑肌瘤和間質瘤不能分辨時，建議及時到醫院檢查就診，根據診斷來針對性的治療。