治療馬拉色菌毛囊炎較為有效的外用藥包括酮康唑乳膏、咪康唑氯倍他索乳膏、聯苯芐唑溶液、鹽酸特比萘芬凝膠、二硫化硒洗劑等，建議及時就醫并遵醫囑用藥。
1.酮康唑乳膏：這是一種廣譜抗真菌藥物，對馬拉色菌有很好的抑制作用。作用機制主要是通過抑制真菌細胞膜麥角甾醇的合成，使細胞膜的通透性增加，從而導致真菌細胞內的重要物質外漏，最終抑制真菌的生長繁殖。
2.咪康唑氯倍他索乳膏：此藥為復方制劑，其中咪康唑能抑制馬拉色菌的生長，氯倍他索是一種糖皮質激素，有抗炎、止癢的作用。對于馬拉色菌毛囊炎引起的炎癥反應和瘙癢癥狀能起到較好的緩解效果。但由于含有激素成分，不能長期、大面積使用。
3.聯苯芐唑溶液：其對馬拉色菌的抗菌活性較強，能有效滲透到毛囊內部，抑制真菌的生長。溶液劑型便于使用，尤其適用于毛發較多的部位。
4.鹽酸特比萘芬凝膠：可以選擇性地抑制馬拉色菌的角鯊烯環氧化酶，從而阻斷真菌細胞膜麥角甾醇的合成，發揮抗真菌作用。凝膠質地清爽，容易吸收。
5.二硫化硒洗劑：不僅對馬拉色菌有抑制作用，還可以減少皮膚油脂分泌。其可能會引起皮膚干燥等情況，使用后可適當涂抹保濕霜。
使用這些藥物時要謹遵醫囑。日常護理要注意保持皮膚清潔，避免多汗，穿透氣的衣物，盡量不要搔抓患處，防止自身傳染和繼發感染。