腳上扁平疣可以通過液氮冷凍治療、激光治療、外用藥物、手術切除、免疫治療等方式才能徹底的弄掉，建議及時就醫并遵醫囑治療。
1.液氮冷凍治療：液氮冷凍是常用的去除腳上扁平疣的方法。液氮的極低溫度（約-196℃）能使疣體組織迅速冷凍，細胞內和細胞外形成冰晶，導致細胞脫水、破裂，進而使疣體壞死脫落。一般需要多次治療，每次治療間隔1-2周。治療后局部會出現水皰、結痂，待痂皮自然脫落，在此期間要保持局部清潔干燥，避免搔抓，防止感染。例如，首次冷凍治療后，疣體可能會在一周左右變黑、結痂，痂皮脫落后觀察疣體是否完全去除，若有殘留則進行下一次冷凍。
2.激光治療：利用激光產生的高能量光束，瞬間氣化或碳化疣體組織。激光治療的優點是精準性高，能夠快速去除疣體，對于較小、較孤立的扁平疣效果較好。治療后局部會有創面，需要涂抹抗生素藥膏預防感染，如莫匹羅星軟膏等，同時要注意休息，減少腳部活動，避免創面摩擦出血。一般激光治療后1-2周創面可愈合，但可能會遺留色素沉著，不過多數會隨著時間逐漸消退。
3.外用藥物：可選用維A酸類藥物，如維A酸乳膏。其能調節皮膚細胞的生長和分化，使疣體逐漸剝脫。使用時需注意，要在晚上睡前涂抹，因為維A酸類藥物遇光易分解。涂抹時應薄薄一層均勻覆蓋疣體，避免接觸正常皮膚，可能會引起局部輕度的紅斑、脫屑等刺激反應，若反應較重應暫停使用并咨詢醫生。還可以使用咪喹莫特乳膏，其能刺激局部免疫反應來清除疣體。
4.手術切除：對于較大、頑固且其他治療方法效果不佳的腳上扁平疣，可以考慮手術切除。但手術切除可能會留下瘢痕，且術后恢復時間相對較長。手術時醫生會在局部麻醉下完整切除疣體，術后需要定期換藥，保持傷口清潔，避免沾水，觀察傷口有無紅腫、滲液等感染跡象，同時按照醫生要求口服抗生素預防感染，一般術后1-2周拆線。
5.免疫治療：可采用疣體埋植術，即將疣體組織取下部分，埋植于皮下，刺激機體產生免疫反應，使機體識別并清除病毒，從而去除扁平疣。這種方法適用于扁平疣數量較多、反復發作者。術后局部可能會有輕微紅腫、疼痛，一般數天內可緩解，同時要注意觀察身體有無發熱等全身反應，如有異常及時就醫。
腳上扁平疣患者一定要遵醫囑進行治療，不要自行盲目處理。在日常護理方面，要注意個人衛生，不與他人共用拖鞋、腳盆等物品，防止交叉感染。避免搔抓疣體，以免病毒擴散導致疣體增多。保持腳部清潔干燥，穿透氣的鞋襪，增強免疫力，有助于預防扁平疣的復發。