男性HPV56陽性說明感染了HPV56，如果表現出臨床癥狀則需要治療，但絕大多數男性HPV56陽性無臨床癥狀，可自愈，不需治療。少數男性HPV56持續陽性，但無臨床癥狀，也應進行治療。
1、不需治療：男性感染HPV病毒后，如果自身抵抗力較強，可清除HPV，包括高危型HPV56和一些低危型HPV，大多數HPV感染為一過性且無臨床癥狀，對于此類感染的男性不需治療，可自愈；
2、需要治療：單純的HPV56陽性一般不會表現出疣體癥狀，但此類男性如果核酸檢測大于參考值，具有傳染性，可通過性接觸等傳給女性，因此建議使用抗病毒類藥物治療，如干擾素。很多男性感染者為混合型感染，即感染的不僅僅是一種HPV型別，除HPV56外還有其他型別的HPV，如低危型HPV6或HPV11，可能會出現生殖道尖銳濕疣，此時需要進行治療。目前的治療方式有激光、冷凍等物理去除方法，也可通過外用藥物，如咪喹莫特乳膏等進行治療。對于合并其他高危型HPV感染者，如HPV16或HPV18，男性有發展成陰莖癌、膀胱癌的可能，所以也應進行治療，主要以干擾素等抗病毒藥物為主。