小柴胡和小兒柴桂退熱顆粒兩種藥物，雖然在藥物名稱上比較接近，其組成藥物中也都以柴胡為君藥，但是兩種藥物在藥物組成、主要功效特點和主要適應病證方面，還是存在一定的區別。若是想要服用，還是建議在專業醫生的指導下辯證服用。
1、組成藥物不同：小柴胡顆粒的主要組成藥物有柴胡、姜半夏、黃芩、黨參、甘草、生姜、大棗等，而小兒柴桂退熱顆粒的主要組成藥物有柴胡、桂枝、葛根、浮萍、黃芩、白芍、蟬蛻，兩種藥物均以柴胡為君藥，配以黃芩清熱，但是其他組成藥物不同，功效也不同；
2、主要功效特點不同：小柴胡顆粒由中醫經典名方小柴胡湯加減制作而成，而小柴胡湯的主要功效為和解少陽，所以小柴胡顆粒的主要功效為和解半表半里之邪以散熱，兼具疏肝和胃之效，小兒柴桂退熱顆粒的主要功效為發汗解表、清里退熱。兩者的功效區別在于前者以解半表半里之邪為主，兼具退熱之效，而后者以解表退熱為主；
3、主治病證有所不同：小柴胡顆粒主要適合治療外感病導致的邪犯少陽證，表現為寒熱往來、胸脅苦滿、食欲不振、心煩喜嘔、口苦咽干等癥狀，雖然此藥在臨床常作為外感疾病退熱藥物使用，但實際上并不是很對癥。而小兒柴桂退熱顆粒主要適合治療小兒外感發熱證，表現為發熱、頭身痛、流涕、口渴、咽紅、小便黃、大便干等癥狀。