陰囊毛根部起疙瘩、疼可能是陰囊炎、皮脂腺囊腫、粟丘疹等疾病引起的，建議患者根據實際情況選擇合適的方法來處理。具體情況如下：
1.陰囊炎：陰囊炎是病菌感染引起的疾病，通常有紅斑、瘙癢等癥狀，還可能出現陰囊毛根部起疙瘩、疼的情況。建議患者在醫生的指導下使用硼酸軟膏、地奈德乳膏、紅霉素軟膏等藥物進行治療。
2.皮脂腺囊腫：灰塵堵塞毛囊、細菌感染等因素容易引起皮脂腺囊腫，常在面部、背部、生殖器等部位發作，可能會出現陰囊毛根部起疙瘩、疼的情況。建議患者服用阿奇霉素分散片、鹽酸環丙沙星片、丙磺舒片等藥物進行治療。
3.粟丘疹：炎癥、汗管受損、遺傳等因素可能引起粟丘疹，常在臉頰、眼部、生殖器等部位發作，通常會有乳白色或黃色的小丘疹，所以陰囊毛根部起疙瘩、疼可能是粟丘疹引起的。建議患者在醫生的指導下使用克林霉素磷酸酯凝膠、莫匹羅星軟膏、醋酸曲安奈德尿素軟膏等藥物進行治療。
患者應該注意局部衛生，勤換貼身衣物；避免吃辛辣刺激的食物，比如辣椒、大蒜、洋蔥等。