在了解您的情況后，我們可以討論一下關于緊急避孕藥使用及其可能引起的身體反應。首先，您提到在6月1日來例假，6月9號中午有房事，當晚服用了主要成分為米非司酮的緊急避孕藥。隨后出于擔心再次服用另一成分左炔諾孕酮的緊急避孕藥。這種情況下的身體反應需要從多個方面進行分析。
首先，緊急避孕藥的主要作用機制是通過抑制或延遲排卵來防止懷孕的發生。一般來說，這類藥物在性行為后72小時內服用效果最佳。您在第一次房事后當晚就服用了藥物，這屬于及時使用，大大降低了意外妊娠的可能性。根據研究數據顯示，正確使用緊急避孕藥可以將懷孕率控制在3%以下。
然而，服用緊急避孕藥可能會帶來一些副作用，包括月經周期的改變、不規則出血等。您提到在6月28日出現褐色分泌物，隨后三天為正常經血顏色。這種情況通常是由于藥物影響了正常的月經周期，導致子宮內膜脫落不規律所引起的。這種現象屬于常見反應，并非宮外孕或其他嚴重婦科疾病的癥狀。
關于您兩次服用緊急避孕藥的行為，需要特別說明的是，短時間內重復使用藥物可能會增加副作用的風險，如胃腸道不適、頭痛等。雖然在您的案例中沒有出現這些癥狀，但建議在未來避免這種做法。如果對避孕效果仍有疑慮，可以考慮采用長效避孕措施，如口服避孕藥、避孕貼或宮內節育器。
總的來說，您目前的情況屬于正常范圍內的藥物反應，無需過度擔心懷孕的可能性。不過，為了確保健康，建議在未來的月經周期中持續觀察身體狀況。如果出現異常癥狀，如劇烈腹痛、陰道大量出血等，請及時就醫檢查。
此外，了解自己的身體周期也是非常重要的。您提到的28-29天周期屬于正常范圍。通過記錄月經開始和結束的時間，可以更好地預測排卵期和預計來潮時間，從而更科學地進行避孕規劃。
最后，如果您還有其他疑問或需要進一步的健康指導，建議咨詢專業的婦科醫生，以獲得個性化的醫療建議。