百會穴位于頭部前正中線與兩耳尖連線交匯的地方，將前發際至后發際的12寸區域劃分為12個部分，其中上5寸即為百會穴所在的位置。在這個穴位上放些艾柱和艾灸盒即可。也可以將兩個拇指置于耳尖這一位置，接著在兩個中指交匯的位置，那便是百會穴所在。
在選擇穴位時，建議采取坐姿，并在穴位附近用大拇指輕輕按壓。在大部分情況下，可以觀察到一個微小的凹陷區域，這時百會穴的具體位置就可以確定了。通過按摩百會穴，可以實現開竅醒腦、益氣固脫、安神定志、升陽舉陷、通督定癇等多種功效。不僅對頭部疾患具有良好療效，而且能改善全身氣血運行，增強人體正氣，提高機體免疫力。通過按摩百會穴，可以有效地治療多種疾病，包括高血壓、眩暈、耳鳴、血管性頭痛、休克、心悸、失眠、健忘、神經衰弱、心律失常、脫肛、子宮脫垂、胃下垂、腹瀉、遺尿、精神分裂癥和癲癇等。
需要注意的是，務必警惕不要對嬰幼兒進行百會穴的按摩，嬰幼兒的囟門尚未完全封閉，因此對嬰幼兒進行百會穴的按摩可能會對其腦部的神經和組織造成傷害。