紅靈芝和黑靈芝的區別主要是外形、顏色，以及功效、主治疾病有所不同。具體分析如下：
1、外形、顏色：紅靈芝是深紅色、橢圓形的靈芝。黑靈芝的靈芝帽為腎形，上表面為赤褐色，具有云狀、環狀圖案和漆狀光澤。
2、功效：紅靈芝具有扶正固本、補氣安神、止咳平喘的功效，可以改善失眠、氣短胸悶、手腳發冷、食欲不振等不適癥狀。黑靈芝具有較強的藥用價值，其中含有氨基酸、多糖、有機鍺等成分，具有補氣安神、止咳平喘、養肝護肝等功效，可以改善失眠、多夢、心神不寧等不良癥狀。
3、主治疾病：紅靈芝更偏向于肺病、咳嗽的治療，黑靈芝適用于對全身癥狀的改善，緩解肝臟損傷。
此外，在使用人群、服藥禁忌方面有些微不同，建議辨證用藥。