凌晨12點到3點咳嗽厲害可能由多種因素引起，一般會考慮到口腔分泌物嗆入氣管、慢性支氣管炎、肺結核、支氣管哮喘和肺癌等可能的疾病。如果這些癥狀持續存在，需要及時就醫進行治療。
1、口腔分泌物嗆入氣管：在睡眠中可能有口腔分泌物嗆入氣管，特別是老年人咽反射減弱，仰臥位睡眠的時候容易發生口腔內分泌物的誤吸，引起凌晨一兩點或夜間其他時間咳嗽的情況，建議盡量采取側臥位睡姿，或是將枕頭抬高緩解癥狀。
2、慢性支氣管炎：這是由呼吸道的感染和物理化學刺激引發的，患者可能會出現反復的咳嗽和咳痰等癥狀，嚴重的病例會導致喘息。在急性發作期，應積極采取對癥支持療法進行綜合治療。在日間，身體的多種活動使得對氣管炎癥的反應變得遲鈍，但到了夜晚，這種敏感性會增加，改變體位可能會導致咳嗽。一般情況下，患者可以按照醫生的建議口服阿莫西林膠囊、硫酸特布他林片等藥物進行治療。當癥狀變得較為嚴重時，需要結合靜脈輸液進行治療。
3、肺結核：這是由結核分枝桿菌引發的疾病，可能導致低熱、乏力、盜汗、消瘦、咳嗽、咳痰，甚至咯血等癥狀。由于夜間迷走神經的興奮度增加，可能會引發支氣管平滑肌的痙攣，從而加重咳嗽。建議采用口服乙胺丁醇和利福平膠囊等的抗結核藥物進行治療，通常的治療時長為0.5-1年或更長。
4、支氣管哮喘：患有支氣管哮喘的人，如果對被子或枕頭里的螨蟲產生過敏反應，并在夜間睡眠時吸入這些過敏原，可能會導致上述癥狀，甚至可能出現呼吸困難的情況。對于這種情況，可以采用霧化學治療法來緩解癥狀。此外，存在一種名為咳嗽變異性支氣管哮喘的特殊支氣管哮喘類型，其主要特征是夜間咳嗽癥狀加劇。在治療過程中，根據支氣管哮喘治療的基本原則，通常需要使用特布他林激素藥物。此外，對于這種類型的患者，建議在日常生活中加強身體護理和保暖措施，以避免受到寒冷的影響，并適當地進行體育鍛煉，從而提升身體素質和預防感冒。
5、肺癌：通常表現為刺激性的干咳，并可能伴有消瘦、咯血和胸痛等癥狀。由于夜間的局部病灶對肺部組織和氣道的刺激更為明顯，因此可能會出現上述癥狀。通常，需要結合放射治療、化學治療和手術等多種手段進行綜合治療，例如進行肺段切除手術和根治性放射治療等。
在沒有確切的病因診斷之前，不應盲目地自行給藥，否則可能會使病情惡化。