孕5周3天是否能檢測到孕囊，這需要根據實際狀況來判斷。在大多數情況下，當女性在妊娠的第5周的第3天進行超聲檢查時，能夠觀察到子宮內的孕囊。在月經周期不穩定、生化妊娠或異位妊娠的情況下，孕婦在妊娠的第5周和第3天可能無法檢測到孕囊的存在。
通常月經規律的女性，在排卵后的大約6天內，受精卵開始著床，并在停經5周后進入宮內妊娠。在這個階段，通過進行陰道超聲診斷，能夠觀察到圓形或橢圓形的孕囊，也就是說，在妊娠的第5周和第3天，孕囊是可以被檢測到的。在妊娠的第6周，通過陰道超聲檢查，可以觀察到胚芽和原始的心管跳動。由于腹部脂肪和腸管等因素的影響，腹部超聲檢查可能會發現孕囊和胚芽，因此需要適當推遲檢查時間。
一般而言，女性的下一次月經前14天是排卵日，但由于過度的勞累、焦慮等外部因素的影響，可能會導致排卵的延遲，從而使月經周期變得更長。在這個階段，受精和著床的時間都相對較晚，因此在妊娠的第5周和第3天可能無法檢測到孕囊的存在。
由于子宮內膜的接受性降低、精子的質量問題、女性的高齡以及卵子質量的減少等多種因素，受精卵可能無法成功著床，從而導致生化妊娠的發生。在48小時內，人絨毛膜促性腺激素的水平幾乎沒有明顯的翻倍或降低，同時孕酮水平也偏低，這些都是生化妊娠的跡象。在這種情況下，孕婦在妊娠的第5周和第3天都無法檢測到孕囊的存在。
由于輸卵管發炎和輸卵管蠕動功能不佳，導致受精卵無法順利轉移到宮腔，并在輸卵管中成功著床，這被稱為異位妊娠。在異位妊娠未發生破裂或流產的情況下，雖然沒有明顯的癥狀表現，但在宮腔內妊娠的第5周至第3天內，孕囊是無法被檢測到的。