如果肛周濕疹合并有細菌感染，一般可以用莫匹羅星軟膏治療。如果肛周濕疹沒有合并細菌感染，莫匹羅星軟膏不用于治療肛周濕疹。
莫匹羅星軟膏是一種外用的抗生素藥物，臨床多是用于治療革蘭氏陽性球菌感染，比如葡萄球菌、鏈球菌皮膚感染，如膿皰病、癤腫、毛囊性及濕疹合并感染。而肛周濕疹是發生在肛周皮膚的常見炎癥性疾病，其皮損呈多形性改變，常伴有劇烈瘙癢，多是由于肛周皮膚經常性受到摩擦或者患有痔瘡、肛瘺、肛門失禁等疾病產生的分泌物不斷刺激肛周皮膚導致。如果肛周濕疹伴有細菌感染，可在醫生指導下使用莫匹羅星軟膏聯合使用糖皮質激素類藥膏，如鹵米松乳膏、復方丙酸氯倍他索軟膏等。如果肛周濕疹沒有合并細菌感染，一般情況下不使用莫匹羅星軟膏，單獨外用糖皮質激素藥物，或者單獨使用鈣調磷酸酶抑制劑，如他克莫司軟膏、吡美莫司乳膏等。
除了外用藥物治療，還需要避免各種外界刺激，如熱水燙洗、過度洗拭、暴力搔抓等，治療期間注意肛周皮膚清潔衛生，避免出現炎癥感染。