肉蔻五味丸的不良反應尚不明確，但是由于個人體質不同，部分人群服藥后，可能會出現脾胃不適、過敏以及藥物蓄積性中毒等情況。肉蔻五味丸是處方藥，患者需要在醫生的指導下才能使用。
1、脾胃不適：肉蔻五味丸作為一種中成藥，具有一定刺激性，主要用于治療心煩失眠、心神不寧，如果患者本身脾胃比較虛弱或者未按醫囑用藥，在用藥以后會對脾胃造成刺激，從而引發脾胃不適，出現腹痛、惡心、嘔吐、腹瀉等癥狀；
2、過敏：肉蔻五味丸主要是由肉豆蔻、木香、蓽茇、土木香組成，如果患者對組成肉蔻五味丸的成分存在過敏反應，在用藥以后就會引發過敏，使患者的皮膚上出現皮疹，還會伴有強烈瘙癢感，甚至會影響到正常入睡；
3、藥物蓄積性中毒：肉蔻五味丸在服用以后，需要通過肝腎代謝，如果患者長期或者大劑量用藥，會增加肝腎負擔，導致肝腎無法正常運行，使藥物在體內長時間蓄積，引發藥物蓄積性中毒，患者可能會出現頭暈、面色蒼白、精神異常等癥狀。
當出現心神不寧、心煩失眠的情況時，除了遵醫囑使用肉蔻五味丸進行治療以外，還需要積極調整自身情緒，保持樂觀積極的心態，晚上睡覺前不要進行劇烈運動。