如果在規范操作下進行臭氧注射術，可能不會引起副作用。但如果操作不當或注射過量，則可能會引起肌肉痙攣等不良情況，長期進行注射則可能會刺激局部組織增生。
臭氧注射治療一般可以起到清創、消炎等作用，通過細針注射臭氧也可以起到化學針灸作用，對于軟組織疼痛、骨關節疾病、腰椎間盤突出等人群具有一定治療效果。對于治療局部炎癥病灶時，可以改善由炎癥引起的局部疼痛及腫脹等癥狀，改善患者的不適癥狀。
如果規范操作，一般不會出現副作用，不會產生不利于人體健康的影響。但如果不規范操作或注射劑量不合規，則可能會引起注射局部肌肉痙攣，還可能會伴有肌肉損傷的情況，而長期進行注射時可能會刺激局部增生，導致關節部位出現狹窄情況，影響治療效果。如果在椎間盤注射時，高濃度的臭氧可能會造成中樞神經損傷或刺激，引起不良反應。
臭氧是一種具有特殊臭味的氣體，過量的臭氧可能會刺激、破壞人們的呼吸道黏膜，造成咽喉腫痛、胸悶咳嗽，誘發或加重哮喘，而且臭氧具有強烈的氧化作用，人們長時間、高濃度接觸臭氧后，可能會對機體組織、細胞造成損害，引起出血傾向。所以，建議到正規醫院骨科等相關科室就診，由醫生通過X線檢查后進行評估，然后決定是否適合使用注射臭氧的方法進行治療。