咽反射與嘔吐反射的反射中樞都位于延髓，其區別在于反射感受器、反射傳出神經、反射效應器、生理意義均有所不同，可以從這些方面進行鑒別。
1、反射感受器：咽反射的感受器是咽后壁、舌根和雙側腭弓，嘔吐反射的感受器包括胃腸黏膜、膽囊、十二指腸等；
2、反射傳入神經：咽反射的傳入神經是舌咽神經和迷走神經，嘔吐反射的傳入神經是迷走神經；
3、反射傳出神經：咽反射的傳出神經是迷走神經，嘔吐反射的傳出神經是迷走神經、交感神經、膈神經、脊神經；
4、反射效應器：咽反射的效應器是咽部肌肉，而嘔吐反射的效應器包括胃腸道、食管、膈肌、腹壁肌、咽部肌肉；
5、生理意義：咽反射是一種防止吞咽異物的生理反應，僅出現咽部肌肉收縮，不會對機體造成嚴重影響。嘔吐反射一般是病理現象，同時也是保護性反射，通過嘔吐可以將進入胃內的有害物質排出體外，但劇烈嘔吐可引起體液大量喪失，造成電解質和酸堿平衡紊亂，從而損害人體健康。