大腸水療指用專用干凈水通過機器或人工輔助對大腸進行清洗，達到清潔腸道的目的的手段。一般應用于習慣性便秘、慢性結腸炎、腸梗阻等患者的輔助治療，有一定好處，也有一定壞處。
1、好處：大便水療可以協助人體排出糞便和大腸內的有害物質，解決排便不暢，改善便秘、腹脹情況。另外還可應用在特殊的疾病中，如自閉癥患者進行大腸水療，可以改善局部腸道環境；
2、壞處：頻繁使用大腸水療，可能造成腸道菌群紊亂，導致腸道菌群失調。因為腸道菌群主要寄生在糞便里，人體腸道至少保有50g的糞便才能夠保證腸道寄生菌的生存。經過液體的沖洗以后破壞平衡，會導致人體免疫功能下降。另外雖然大便水療僅使用水，沒有使用化學藥劑，但也可以導致腸道黏膜表層黏液大量流失，擾動腸道環境，加重便秘。所以腸道水療只可作為便秘患者輔助治療，不建議頻繁使用。
假如存在嚴重心臟病、腸道腫瘤、嚴重貧血、疝氣、肛瘺管、嚴重痔瘡、腎功能低下等疾病，應禁止使用大腸水療。大腸水療后要注意少量多餐，吃柔軟、比較容易消化的食物，比如饅頭、米粥，避免辛辣、刺激食物，比如辣椒、火鍋等，避免對大腸造成不必要的負擔。