新生兒脈絡叢囊腫，屬于先天發育異常的情況，大多不能被吸收，所以也不存在多久能吸收的說法。由于多數小的囊腫可以維持不變，將來對新生兒發育影響不大，但也有少數囊腫會出現進展，并且合并畸形，通常需要進行手術處理。
1、較小的脈絡叢囊腫：多數脈絡叢囊腫比較小且為單側，通常無病理意義，預后比較好，但不能自行吸收。由于對新生兒的影響不大，因此可定期復查頭部CT、核磁共振等檢查，如果無明顯的增大者，則無需進行處理；
2、較大的脈絡叢囊腫：如果脈絡叢囊腫比較大，并且合并其他器官的畸形，如合并先天性心臟病、腎臟發育異常等，則需注意新生兒是否存在染色體或基因的異常，比如18三體綜合征、21三體綜合征等。由于此類脈絡叢囊腫通常不能自行吸收，需要密切進行觀察，尤其是18三體綜合征的新生兒，會由于心臟不健全，導致呼吸困難，因此存活期會較短。如果是21三體綜合征的新生兒，合并比較大的脈絡叢囊腫，有可能會導致腦積水或是壓迫神經系統，出現智力受損、運動發育落后，以及抽搐等癥狀，通常需要進行手術治療。
所以，新生兒的脈絡叢囊腫大多不能自行吸收，但是如果囊腫較小、單側、未合并畸形、不考慮染色體異常的脈絡叢囊腫，則不需要進行特殊的處理，多數會保持不變，只需定期復查即可。如果是比較大的脈絡叢囊腫，并合并畸形，可能會出現預后不良的表現，尤其是染色體異常，常會導致新生兒在早期就出現死亡，建議及時進行手術治療。