5歲男孩晚上咳嗽厲害考慮是胃食管反流的原因，還有可能是過敏性咳嗽導致的，而且與感染因素、精神因素、藥物因素等情況也可能有關，建議及時就醫，由醫生明確原因。
1、胃食管反流：一般是胃內容物反流進入食管和咽喉，胃酸和異物刺激咽喉，導致出現咳嗽的癥狀，晚上機體處于水平位，相對更容易出現胃食管反流，因此可能出現5歲男孩晚上咳嗽厲害的情況；
2、過敏性咳嗽：在日常生活中，如果睡前吸入了枕頭或被褥上的塵螨、真菌或者動物的皮毛等物質，有可能會出現過敏反應，從而引起咳嗽，或者皮膚紅斑、瘙癢等問題，導致5歲男孩晚上咳嗽厲害；
3、感染因素：5歲男孩如果出現了呼吸道感染，也可能出現晚上咳嗽厲害的癥狀，與晚上注意力比較集中，機體處于休眠狀態不能較好地對抗病原體，以及迷走神經興奮等因素有關；
4、精神因素：如果5歲男孩晚上情緒過度激動或者緊張不安，則可能會導致大腦皮質受到刺激或者迷走神經反射，出現5歲男孩晚上咳嗽厲害的表現；
5、藥物因素：如果5歲男孩用了血管緊張素轉化酶抑制劑，可能會出現持續性干咳的情況，夜間或者臥位時更加地嚴重，在停藥后會減輕直至消失。